Plus de 7 400 ha,  soit 10% du territoire du Parc naturel régional de Chartreuse, font partie du réseau écologique européen Natura 2000. Les 3 sites situés en Isère sont animés par le Parc de Chartreuse depuis 2009 : les Marais-tourbières de l'Herrétang, le Charmant Som et la Réserve Naturelle des Hauts de Chartreuse. En Savoie, Le Mont Grelle et la rive droite des gorges du Guiers Vif sont gérés par le Syndicat Mixte de l'Avant Pays-Savoyard et les zones humides des Corniols et du Lac des Pères par le Conservatoire du Patrimoine Naturel de la Savoie.