La présence du lièvre variable (Lepus timidus varronis) en Chartreuse est attestée en période préhistorique et notifiée dans la littérature jusqu'au milieu, voire la fin du 20eme siècle. En 2002, un premier travail de recueil de données est réalisé par la Réserve Naturelle mais au delà de quelques rares observations visuelles rapportées par des tiers, aucune donnée documentée ne prouve la présence de l'espèce au cours des dernières décennies. Le lièvre d'Europe (Lepus europaeus) est lui relativement fréquent à toutes altitudes dans le massif. En juillet 2012 en marge du chantier de fouilles paléontologiques de la grotte de Tempiette nous est signalé la présence d'ossements de lièvre d'aspect et de disposition « récents ». L'ensemble de ces données a conduit à relancer le travail initié dans le cadre du plan de gestion de la Réserve Naturelle sur cette espèce au statut peu documenté.
On compte à l'heure d'aujourd'hui 7 couples d'aigles royaux identifiés (effectif maximum retenu en l’état des connaissance) sur l’ensemble du massif de Chartreuse, dont 5 déjà observés en nidification simultanée (le septième couple n’est pas retenu ici, sa reproduction certaine n’ayant pas encore pu être observée). 2 couples sont niheurs dans le périmètre de la Réserve Naturelle et au moins 2 autres couples limitrophes l’utilisent régulièrement comme territoire de chasse.
Afin de suivre l’évolution de la biodiversité sur le territoire de la Réserve naturelle des Hauts de Chartreuse, le Parc naturel régional de Chartreuse, gestionnaire du site depuis 2001, suit depuis plusieurs années les populations de chauve souris dans certaines grottes.
Un film réalisé par Marc Peyronnard sur la mémoire pastorale en partenariat avec la Réserve Naturelle des Hauts de Chartreuse...